"39 Manh mối" có một cốt truyện rất ly kỳ xung quanh một việc khám phá và sở hữu sức mạnh tối thượng. Đó là câu chuyện về nhà Cahill, được coi là gia tộc quyền lực nhất thế giới với những cái tên lừng lẫy trong gia phả từ nhà lập quốc Mỹ Benjamin Franklin đến nhạc sĩ thiên tài Mozart. Trong một giả thiết pha trộn huyền thoại và những nghi vấn lịch sử, bộ sách đưa ra một bí mật lớn nằm trong 39 manh mối rải rác khắp thế giới. Người nào sở hữu được tất cả 39 manh mối đó sẽ nắm được bí quyết sở hữu quyền lực tối thượng.

Phần chính của bộ truyện gồm 10 tập, xoay quanh cuộc phiêu lưu của hai đứa trẻ nhà Cahill là Amy, 14 tuổi, và Dan, 11 tuổi, chạy đua với những thành viên từ các nhánh khác trong gia tộc, để có thể trở thành những người đầu tiên sở hữu tất cả các manh mối dẫn tới sức mạnh tối thượng.Qua mỗi cuộc phiêu lưu, qua từng manh mối được cởi nút, những bí ẩn lịch sử vừa có thật vừa hư cấu sẽ được giải đáp.

Người đọc sẽ say mê theo dõi những diễn tiến ly kỳ của cuộc tranh đoạt các manh mối cùng lúc với sự ngỡ ngàng khi từng bức màn bí ẩn được vén lên. Cốt truyện sẽ phát triển đến cao trào để sau đó mở ra những đường dây câu chuyện mới, dọn đường cho các phần tiếp theo, phần phụ của bộ sách.